A l’indépendance, l’UGTA s’employa à se réorganiser en recréant ses structures centrales et ses sections au niveau local. La crise politique de l’été 1962 entre le Gouvernement provisoire et l’Armée des frontières, fut une première épreuve dans la construction de la relation de l’UGTA à l’Etat. L’indignation de l’UGTA face au conflit fratricide et sa position affichée en faveur de l’arrêt immédiat des affrontements et de l’effusion de sang, de même que la menace qu’elle brandissait d’une grève générale au cas où l’un des deux protagonistes s’emparait du pouvoir par la force, lui valut l’hostilité déclarée de Ahmed Ben Bella.
Cette hostilité eut des répercussions sur le premier Congrès de l’UGTA ainsi que sur le second. Ben Bella intervint personnellement dans les travaux et le choix des candidats pour s’assurer d’une direction subordonnée. Quelques semaines après le second Congrès acquis à Ben Bella, un nouvel événement politique relança les hostilités entre l’UGTA et le pouvoir politique. Il s’agit du renversement de Ben Bella à la suite du coup d’Etat en juin 1965 de Houari Boumediene, alors Ministre de la Défense. Perçu comme un retournement libéral et antisocialiste du régime, ce coup de force contribua à détériorer de nouveau les relations entre l’UGTA et le pouvoir.
Afin de reprendre le contrôle sur l’UGTA, le régime du Président Boumediene adopta une politique à deux volets.
D’une part, il insuffla une politique de polarisation basée sur un discours politique ainsi que des choix économiques et sociaux favorables aux ouvriers parmi lesquels la gestion socialiste des entreprises, la gratuité des soins, la démocratisation de l’enseignement primaire, le statut général du travailleur garantissant une protection juridique importante aux travailleurs et un système de sécurité sociale très avantageux. D’autre part, le régime adopta une politique répressive s’appuyant sur des coups de force durant les congrès, portant atteinte à la Révolution et aux travailleurs en ordonnant la fermeture des locaux et l’arrestation des leaders insoumis.
Quelques années après l’arrivée du Président Chadli Bendjedid, un véto institutionnel se produisit à travers l’article 120 des statuts du Parti qui stipulait clairement que la candidature à tous les postes de responsabilité au niveau de l’Etat et des organisations de masse était subordonnée à l’adhésion au Parti. Une large purge s’ensuivit touchant, entre autres, 12 Secrétaires de fédérations . En quelques années, l’UGTA s’était transformée en structure inféodée au Parti et complètement soumise à ses orientations.